現時点バージョンの、WooCommerce Stripe Payment Gateway 4.3.1ですと、米ドルの決済のときにしか表示されないようになっています。
コアのコードの興味のある人はstripeプラグインの includes/class-wc;gateway-stripe.php
の194行目から217行目までの関数get_icon()
を御覧ください。
そのため、フィルターフックを利用して表示させる形になります。
以下のコードを自作テーマや子テーマのfunctions.phpなどに追加することで表示されるようになります。
ちなみに上記のコードではJCB, Dinners, Discoverの3つが表示されるようになってしまいますので、表示させたいものだけ選んで他のコードは消してください。
お試しください。